薬師殿（やくしでん）は大雄宝殿（だいおうほうでん）の後ろに位置します。霊隠寺の三境内にあり、1993年に再建された殿堂です。本殿は二重軒入母屋造（にじゅうのきいりもやづくり）の様式で、入口の広さが七間分で、長さが三間分あります。
薬師仏像（やくしぶつぞう）は殿堂内にまつられ、両側には日光菩薩（にっこうぼさつ）と月光菩薩（げっこうぼさつ）がおり、合わせて「東方三聖（とうほうさんせい）」あるいは「薬師三尊（やくしさんぞん）」と呼ばれます。
薬師仏は、「薬師瑠璃光如来（やくしるりこうにょらい）」とも言われ、東方浄瑠璃世界の教主です。東方浄瑠璃世界は非常に殊勝荘厳で、あらゆるものが明るく清浄で、汚い所もなければ、三悪道もなく、人々の体と自然環境が西方極楽世界のように荘厳美妙です。薬師仏は菩薩道を行する時、十二の大願（だいがん）を立て、その七番目の願いに「病の者は、私の名前を聞けば患いが除かれる」とあるので、この仏を「薬師（やくし）」と呼ぶようになりました。二番目の願いに「仏になれば、体が清浄にして瑠璃の如く、光明が日や月よりも明るい」とあるので、「瑠璃光」と呼ばれるのです。
日光菩薩は、「日光遍照菩薩」あるいは「日曜菩薩」とも呼ばれ、薬師仏の左の脇侍（きょうじ＜中心の仏の両脇につきそい立っている菩薩＞）です。月光菩薩は、「月光遍照菩薩」あるいは「月浄菩薩」とも呼ばれ、薬師仏の右の脇侍です。東方浄瑠璃の国では、日光・月光の二菩薩が薬師仏の二人の補佐をするとともに、多くの菩薩の上位にあり、薬師仏の涅槃後、仏位を続補すると言われます。
本殿の左右両側には十二体の塑像があります。名前は「薬師十二神将」と呼ばれ、また「十二薬叉大将」あるいは「十二位保護神」とも呼ばれます。甲冑（よろいかぶと）に身を固め、威風堂々としています。十二神将は薬師如来の眷属で、『薬師経』を読む者を守護し、昼夜の十二時間、四季の十二か月、休むことなく人々を守護しています。十二神将とは、宮毘羅（くびら、黄色い宝杵を持つ）、伐折羅（ばさら、白い宝剣を持つ）、迷企羅（めきら、黄色い宝棒を持つ）、安底羅（あんちら、緑の宝錘を持つ）、額爾羅（あにら、紅い宝叉を持つ）、珊底羅（さんちら、黒い宝剣を持つ）、因達羅（いんだら、紅い宝棍を持つ）、波夷羅（はいら、紅い宝錘を持つ）、摩虎羅（まこら、白い宝斧を持つ）、真達羅（しんだら、黄色い宝索を持つ）、招杜羅（しょうとら、青い宝錘を持つ）、毘羯羅（びから、紅い宝輪を持つ） のことです。
薬師殿の横額（よこがく）の「薬師殿」の三文字は故中国仏教協会会長の趙朴初（ちょうぼくしょ）氏によって書かれたもので、書体がきちんとしていて、雄壮で力強い筆跡です。
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